В результате катастрофы погиб 71 человек: экипаж и пассажиры рейса "Башкирских авиалиний" — всего 69 человек, в том числе 52 ребёнка, и два пилота грузового "Боинга" немецкой компании DHL.
Основную часть пассажиров Ту-154 составляла группа детей из расположенной в Башкирии спецшколы ЮНЕСКО для одарённых ребят. Все они получили путёвки на отдых в Испанию за хорошую учёбу.
Группа должна была вылететь накануне, но опоздала на рейс. "Башкирские авиалинии" в экстренном порядке организовали вылет чартера. Билеты на этот рейс авиакомпания также предложила другим пассажирам, — всего было куплено восемь билетов. Три из них приобрела семья Калоевых — 44-летняя Светлана летела в Барселону вместе с детьми — 4-летней Дианой и 10-летним Костей. В Испании их ждал отец, Виталий Калоев, бывший глава стройуправления во Владикавказе, по контракту уехавший в Испанию работать архитектором. Накануне он сдал заказчику очередной проект.
Кроме первого и второго пилотов, в составе экипажа находился проверяющий авиакомпании — пилот 1-го класса, который в этом полете должен был в рамках стандартной процедуры проверки оценить действия КВС борта Александра Гросса. В салоне самолёта помимо бортпроводников находились ещё трое сотрудников авиакомпании: Шамиль Рахматуллин, авиатехник Юрий Пензин и сопровождавший рейс флайт-менеджер Артем Гусев.
Поздно вечером 1 июля самолёты оказались в воздушном пространстве над Боденским озером — несмотря на то что это была территория Германии, управление полётами здесь было передано швейцарской частной диспетчерской компании «Скайгайд».
На дежурстве в тот момент находился один специалист — 34-летний Петер Нильсен. Второй диспетчер с согласия Нильсена ушёл на перерыв, и на попечении Нильсена и оставшейся с ним ассистентки остались сразу два диспетчерских терминала.
Кроме того, часть оборудования, которая должна информировать диспетчеров об опасном сближении между самолётами, в ту ночь находилась на техобслуживании.
Когда стало понятно, что самолёты двигаются на пересекающихся курсах, обратить внимание коллеги на опасную ситуацию пытался другой диспетчер, работавший в Карлсруэ. Он 11 раз пытался связаться с Нильсеном по телефону, но одна из телефонных линий также находилась на обслуживании, а запасная вышла из строя. По той же причине сам Нильсен не мог попросить аэропорт Фридрихсхафена взять на себя еще один, третий рейс, следовавший с задержкой. Переговоры с командиром этого борта за несколько минут до катастрофы не позволят Нильсену расслышать сообщения от лётчиков "Боинга" и Ту-154.
Сам Нильсен заметил сближение двух самолётов, двигавшихся на встречных курсах, слишком поздно. Первое сообщение командиру Ту-154 с требованием снизить высоту он отдал меньше чем за минуту до столкновения. Однако в это время в кабине второго самолёта уже сработала система предупреждения о возможном столкновении TCAS-RA.
Система TCAS была создана специально для предупреждения пилотов об опасных сближениях в ситуации, когда по каким-то причинам это не было сделано диспетчером. Для того чтобы система сработала, необходимо, чтобы на втором самолёте также стоял её датчик, — после этого каждый из лайнеров получает согласованный сигнал о манёвре, который необходимо совершить, чтобы предотвратить столкновение.
По международным правилам системой должны быть оборудованы все самолёты, сертифицированные для перевозки 19 пассажиров и более. TCAS была установлена и на Ту-154, и на "Боинге". Но из-за того, что диспетчер попытался предотвратить столкновение слишком поздно, его распоряжения вошли в противоречие с командами TCAS.
Почти сразу после того, как Нильсен вышел на связь с капитаном самолёта "Башкирских авиалиний" и потребовал снизиться, TCAS передала российскому лайнеру команду начать набор высоты, а немецкому, напротив, — снижаться. Командир "Боинга", не получавший никаких распоряжений от Нильсена, выполнил команду компьютера. Командир Ту-154 в этот момент уже выполнял аналогичное распоряжение диспетчера и к компьютеру не прислушался. При этом экипаж немецкого грузового самолёта сообщил о своих действиях на землю, но Нильсен, занятый в этот момент переговорами с третьим бортом, этого сообщения не услышал.
Два самолёта одновременно перешли в снижение на встречных курсах.
Пилоты "Боинга" и Ту-154 увидели друг друга уже в последние секунды — самолёты столкнулись под прямым углом, при этом хвостовой стабилизатор "Боинга" ударил в середину фюзеляжа пассажирского самолёта, отчего тот развалился в воздухе. Лишившийся хвостового управления "Боинг" потерял управление и также рухнул на землю.
Катастрофа произошла около 23.30 по местному времени, однако первые сообщения о ней начали поступать уже после полуночи. Утром 2 июля о случившемся узнал Виталий Калоев, ожидавший свою семью в Барселоне. В тот же день он вылетел в Швейцарию, а оттуда выехал в немецкий Юберлинген, рядом с которым произошла катастрофа.
Сообщив полицейским в оцеплении, что в упавшем самолёте находились его жена и дети, Калоев присоединился к поисковым работам на месте крушения. Позднее он рассказал телеканалу National Geographic, что сам нашел свою дочь, 4-летнюю Диану, — сначала увидел на земле её порванные бусы, а затем обнаружил и тело ребенка. Именно этот образ лёг в основу мемориала, установленного на месте трагедии и названного «Разорванное ожерелье».
Расследованием обстоятельств крушения занималось Немецкое федеральное бюро расследований авиационных происшествий. В мае 2004 года было опубликовано заключение бюро. В нём говорилось, что в столкновении виновна диспетчерская компания «Скайгайд», не сумевшая обеспечить безопасность воздушного движения, и её диспетчер. Кроме того, в документе отмечалось, что пилоты Ту-154 совершили манёвр вопреки требованиям системы TCAS, а интеграция самой системы была неполной, инструкции к ней не были стандартизированы.
Авиакомпания «Башкирские авиалинии» подала в суд на Федеративную Республику Германия, в воздушном пространстве которой произошло столкновение. В 2006 году районный суд расположенного на Боденском озере города Констанц постановил, что передача управления движением самолётов частной компании, находящейся на территории другой страны, противоречит немецким законам. Вся ответственность за катастрофу, согласно решению суда, ложилась на Германию. Это решение было оспорено ФРГ, впоследствии спор между Германией и «Башкирскими авиалиниями» был урегулирован в досудебном порядке.
В сентябре 2007 года было вынесено судебное решение по делу восьми сотрудников компании «Скайгайд» — четверо обвиняемых были оправданы, четверо признаны виновными в причинении смерти по неосторожности. Трое из них получили условные сроки, один был приговорен к штрафу.
Поначалу личность диспетчера, дежурившего в момент катастрофы, не раскрывалась. Впоследствии представители «Скайгайд» сообщили, что Петер Нильсен был глубоко потрясен трагедией. Вскоре после трагедии он взял длительный отпуск, через несколько месяцев вернулся в компанию, но перешёл на офисную работу и управлением воздушным движением больше никогда не занимался.
Спустя почти два года после катастрофы, но до публикации официального заключения комиссии по её расследованию, 24 февраля 2004 года к его дому подошёл седой человек, одетый во всё чёрное, и попытался «привлечь к себе внимание» хозяина. Нильсен, в доме которого находились жена и трое детей, вышел к нему. После короткого разговора человек нанёс ему несколько ножевых ранений и скрылся с места преступления.
Полиция сразу заявила, что «не исключает» версии мести диспетчеру за катастрофу, а "Скайгайд" до выяснения всех обстоятельств усилила охрану остальных сотрудников. По подозрению в убийстве вскоре был задержан Виталий Калоев. Следователям он рассказал, что хотел добиться от диспетчера извинений. По словам Калоева, он показал Нильсену фотографию своей погибшей семьи, однако Нильсен выбил фото у него из рук. Что происходило после этого, Калоев не помнит.
В октябре 2005 года он был признан виновным в убийстве и приговорён к восьми годам лишения свободы, в 2006 году срок заключения был сокращен, а в 2007-м Калоев был освобожден досрочно за примерное поведение и отправлен в Россию. В Северной Осетии Виталия Калоева встретили как героя... Через год, в 2008 году, он занял пост заместителя министра строительства республики .